Origines de SARS-CoV-2 : la science parle enfin

C’est une étude dont j’attendais les résultats depuis cinq ans. Une étude qui aurait dû être menée dès le début de l’année 2020, quand on a su que la pandémie de Covid avait émergé à Wuhan. Une ville riche en laboratoires étudiant les coronavirus, tout particulièrement au sein de son Institut de virologie, le WIV, à la pointe de la recherche mondiale dans ce domaine. Un fait qui imposait de prendre immédiatement au sérieux l’hypothèse d’une fuite de laboratoire, au lieu d’assimiler à une théorie du complot cette piste parfaitement justifiée dans la recherche des origines du Covid.

Il n’en a rien été, et, face à un virus qui a bouleversé le monde, on en est principalement resté à des suppositions. Des opinions, ou des convictions, souvent très affirmées, bien que la science soit encore loin d’avoir tranché la question, faute de l’avoir vraiment abordée de front. Notamment pour chercher dans la composition du génome de SARS-CoV-2, et surtout dans son évolution, si l’on trouve la trace d’une manipulation humaine. Exactement ce qu’a entrepris de faire Guillaume Achaz, biologiste spécialisé dans l’évolution des génomes, avec l’aide de l’équipe de chercheurs qui fut à l’origine de ce que l’on a appelé le Groupe de Paris : le collectif de scientifiques qui a contribué à rendre légitime l’hypothèse de la fuite de laboratoire.

Leur étude a eu pour but d’établir une sorte d’indice d’étrangeté, comme Guillaume Achaz me le confiait à la fin de SARS-CoV-2 Aux origines du mal, mon livre consacré aux origines du Covid. J’y ajoutais que si cet indice s’avérait élevé, « il pourrait constituer la première donnée scientifique assez solide pour faire passer l’hypothèse du laboratoire de tout à fait possible à très probable ».

Cinq ans plus tard, Guillaume Achaz présente enfin ses résultats, qui ne vont pas dans le sens attendu par ceux qui affirment que le SARS-CoV-2 est une chimère, un virus créé en laboratoire dans le cadre de travaux dits de gain de fonction. Des recherches susceptibles de doter les virus de nouvelles facultés les rendant plus infectieux ou capables de franchir des barrières d’espèces. Ce sur quoi pouvait travailler le WIV, en collaboration avec l’Américain Ralph Baric, le spécialiste mondial des coronavirus de synthèse. Des travaux menés dans les années 2010 avec des financements publics américains, comme vient de le rappeler avant de quitter son poste la directrice du renseignement des Etats-Unis, Tulsi Gabbard, en déclassifiant un certain nombre de documents, qui ne prouvent absolument pas que SARS-CoV-2 résulte de ce type de travaux.

Telle était toutefois l’hypothèse que Guillaume Achaz a envisagée en dirigeant l’équipe composée de sa consœur Virginie Courtier-Orgogozo, du bio-physicien François Graner, du virologue Etienne Decroly et des bioinformaticiens Thomas Bigot et Jean-Noël Lorenzi. Premier auteur, ce dernier a eu la charge de réaliser une énorme masse de calculs, détaillés dans 130 pages de figures annexées à un manuscrit qui propose une analyse comparative extrêmement poussée. D’abord entre SARS-CoV-2 et ses plus proches cousins, puis entre cette famille de virus et celles de SARS-CoV-1 et du MERS, les deux précédents coronavirus ayant causé des pandémies, en 2002 et 2012.

Soumis à une revue scientifique de premier plan, l’article vient d’être prépublié sur la plateforme BioRXiv, avec pour titre : « Trois indicateurs phylogénétiques corroborent l’hypothèse d’une évolution naturelle de la séquence la plus ancienne du SARS-CoV-2. » Un résultat clair, et un travail fondamental qui apporte enfin de la science de haut niveau sur cette question de l’origine de SARS-CoV-2, avec finalement un indice d’étrangeté « très faible », selon Guillaume Achaz. Tout lui semble évolutivement attendu dans ce virus, ce qui ne signifie pas pour autant qu’il ne provient pas d’un laboratoire. De vraies zones d’ombre demeurent par ailleurs sur les travaux qui ont pu être réalisés, avant la pandémie, par l’Institut de virologie de Wuhan. Mais aussi dans le laboratoire de Ralph Baric à l’université de Caroline du Nord, alors que la justice de cet Etat vient de refuser la divulgation de documents liés aux recherches de ce fameux virologue.

L’étude de Guillaume Achaz met néanmoins fin à une invraisemblable ignorance scientifique sur l’évolution du virus du Covid, qui apparaît finalement tout ce qu’il y a de plus naturelle. Le chercheur du Collège de France explique pourquoi à Raison sensible.

Guillaume Achaz, pourquoi a-t-il fallu cinq ans pour que cette étude soit menée ?

En sciences, si on veut faire quelque chose de bien, cela prend toujours plus de temps que prévu. Travailler lentement permet d’aller plus en profondeur, là où l’on est plus robuste, avec plus de contrôles positifs et négatifs. L’autre raison, c’est que la personne embauchée pendant trois ans pour ce travail a ensuite eu une autre vie comme professeur. Quand on lui demandait des analyses supplémentaires, il les faisait le soir ou le week-end, et, comme il a aussi eu un enfant entre-temps, il n’avait pas que ça à faire ! Nous avons ainsi pris notre temps, mais cela nous a permis d’aller au fond des choses. Donc c’est un bien pour un mal.

S’agit-il de la première analyse approfondie de l’évolution du SARS-CoV-2 cherchant à déterminer si elle a été naturelle ?

Des études préalables ont été réalisées, mais c’est la première qui relève le défi majeur : les virus de la famille des SARS sont des mosaïques d’autres virus. Les morceaux du génome n’ont pas la même histoire évolutive. Le cousin le plus proche n’est pas non plus le même au début, au milieu et à la fin. On ne peut donc pas s’appuyer sur une seule histoire possible et tester si elle est différente de ce qu’on attend naturellement. Il faut aller regarder segment par segment. On est ainsi arrivé à vingt-cinq histoires distinctes, mais il y en a probablement entre vingt et quarante. Ce découpage du génome constitue une grosse complication, un vrai problème méthodologique que nous n’avions pas prévu. Nous avons donc investi plus d’un an à mettre au point une méthode plus robuste que ce que l’on trouve dans la littérature.

Beaucoup de scientifiques ont eu peur d’aller sur ce terrain miné.

Pourquoi tout ce travail n’a-t-il pas été réalisé avant ? On parle tout de même de l’origine de la pandémie de Covid...

On a surtout vu des batailles d’opinions sans faits, où derrière son écran chacun veut aller trouver une faille, ou montrer qu’il n’y en a pas. Beaucoup de scientifiques ont aussi eu peur d’aller sur ce terrain miné et de se retrouver exposés. Des collègues ont été écartelés sur la place publique parce qu’ils avaient donné un avis sur cette question. Cela pourrait expliquer pourquoi aucune autre équipe académique que la nôtre ne s’y soit sérieusement attelée.

Mais n’est-ce pas une anomalie que l’OMS, censée avoir mené une enquête sur l’origine de SARS-CoV-2, se soit abstenue de commander une étude comme la vôtre ? Vous êtes parvenu à faire financer un chercheur pour travailler là-dessus pendant trois ans, mais, vu l’argent dépensé pour le Covid, l’OMS aurait facilement pu en mobiliser dix pendant un an dès l’arrivée de la pandémie.

C’est une bonne question. L’OMS agit dans un contexte politique. Peut-être qu’en se retrouvant coincée entre deux figures présidentielles à forte personnalité ayant des avis très tranchés, sans beaucoup d’arguments, c’était trop compliqué. Peut-on se permettre de réaliser cette étude dans ce champ politique ? Je ne sais pas. Je ne suis qu’un scientifique qui effectue un travail entre le fondamental et l’appliqué.

Quand nous sommes passés aux chimères, nous avons vu une différence.

Passons donc à ce travail. Quelle est l’originalité de votre méthode ? Vous expliquez que les coronavirus de type SARS sont des mosaïques résultant de nombreuses recombinaisons entre plusieurs virus, mais tous les gens qui travaillent sur ce sujet le savent.

Tout à fait, ce n’est pas une découverte. Mais pour analyser l’histoire génétique et généalogique de ces virus, il faut prendre en compte ce mosaïcisme. Ce défi méthodologique nous a d’abord conduits à évaluer les performances - entre moyennes et médiocres - de la dizaine de méthodes proposées avant de développer la nôtre, toujours imparfaite, mais moins que les autres. Ensuite, nous avons dès le départ eu l’idée d’utiliser comme contrôle négatif les virus proches du SARS-CoV-1 et du MERS, les coronavirus ayant causé deux précédentes pandémies, dont personne ne discute l’origine naturelle. Nous nous étions donc dit que si on observait une même tendance avec SARS-CoV-2 qu’avec les deux autres, c’était que le virus du Covid n’avait pas été manipulé. Et puis, il y a six mois, alors que nous commencions à parler de notre travail, on nous a objecté : « Mais s’il s’était passé quelque chose, l’auriez-vous vu ? » Nous avons alors consacré six mois à regarder des chimères, des virus artificiellement combinés dont nous avons reconstruit les séquences par ordinateur. Y voyait-on des traces de manipulation ? Pour le savoir, nous avons fait ce qu’on appelle des contrôles positifs. Et là, la réponse est oui : quand nous sommes passés aux chimères, nous avons vu une différence.

Que cherchez-vous en comparant des génomes ?

Des traces de ce qui ne serait pas arrivé naturellement. Nous nous sommes placés dans le champ de la génétique évolutive en nous appuyant sur trois indicateurs. Le premier est la divergence. Cela revient, par exemple, à comparer le gène d’un humain avec celui d’un chimpanzé, d’un gorille ou d’un orang-outan, ses cousins. Sont-ils vraiment différents ? Et si oui, comporte-t-il des traces d’une évolution très rapide ? Soit c’est une histoire particulière naturelle, soit, dans le cas d’un virus où l’on observe une divergence très forte à un certain endroit par rapport à son cousin, on peut imaginer que quelqu’un est parvenu à remplacer cette région par une autre. En l’occurrence, avec SARS-CoV-2, on ne voit pas de très fort changement d’un morceau de gène quelque part.

Comment voyez-vous qu’un changement est naturel ou pas ? Car dans un génome, il survient, entre autres, des délétions, des insertions, qui amènent des différences naturellement.

Certes, mais, pour l’instant, je ne parle pas d’insertions et de délétions, uniquement de remplacements de nucléotides, les lettres qui constituent d’abord des acides aminés, puis des gènes et, finalement, la totalité du génome d’un virus à ARN comme SARS-CoV-2. Nous avons donc regardé si des séquences de nucléotides différaient particulièrement de celles d’un proche cousin. Cela peut arriver par recombinaison naturelle, mais un contrôle permet de le vérifier, car, sur un gène, certaines variations changent les séquences d’acides aminés, et d’autres non. On mesure ainsi le taux de divergence locale qui n’a pas changé la séquence. C’est comme une horloge qui nous donne une idée de la vitesse à laquelle cette région a évolué. Etant donné cette vitesse, on se demande s’il y a eu trop de changements d’acides aminés, ce qui serait un signe de sélection positive très forte, ou pourrait être interprété comme le remplacement d’un segment. Mais rien de tel n’apparaît avec ce premier indicateur.

Aucune région de SARS-CoV-2 ne présente un usage du code génétique différent par rapport au reste du génome.

Quel a donc été votre deuxième indicateur ?

Le fameux usage du code. Le code génétique, c’est une suite de petites séquences de trois nucléotides, trois lettres qui s’associent pour coder un acide aminé : les codons. Il existe quatre lettres possibles (A,C,G et U), les quatre types de nucléotides, donc 64 associations différentes, 64 codons. Mais on dénombre seulement 20 acides aminés car plusieurs codons codent pour le même. Nous avons cherché si un segment du virus avait un usage du code, une façon d’utiliser les codons, qui semblait anormal par rapport au reste de son génome. Mais, là aussi, nous n’avons pas trouvé de différence. Aucune région avec un usage du code différent.

Enfin, notre troisième indicateur a été la présence d’insertions et de délétions. Nous avons cherché à voir si elles arrivaient à un rythme trop élevé, mais elles s’avèrent en fait assez peu nombreuses chez SARS-CoV-2 par rapport aux proches cousins. On connaît aussi bien l’insertion de son site de clivage à la furine, avec ses douze nucléotides. Donc nous avons regardé chez les autres virus de sa famille s’il y avait des insertions ou des délétions dans la même région. Apparaît-elle tolérante à cela ? Or au moins une autre insertion s’est produite dans d’autres virus, ou une délétion. Ce n’est pas toujours facile de savoir, mais elle est située juste à côté de ce site, et présente dans plusieurs virus qui n’ont pas été manipulés, suggérant que cette insertion est apparue il y a longtemps dans l'ancêtre de ces virus. Donc si c’est une région qui contient des insertions-délétions, l’arrivée du site furine à cet endroit n’apparaît pas particulièrement bizarre.

Comment peut-on distinguer une insertion naturelle d’une pas naturelle ?

On ne peut pas. En revanche, on peut dire si l’on est face à une région où l’on observe que des insertions se produisent chez les autres membres de la famille.

Il ne faut pas trop s’exciter sur les codons CGG. On ne sait pas d’où ils viennent.

Concernant ce site furine, la présence du codon CGG pour coder l’acide aminé Arginine avait été remarquée. Or l’arginine peut être codée par cinq autres codons, de façon plus courante qu’avec CGG dans les coronavirus de type SARS et dans les autres parties du génome de SARS-CoV-2. Mais parmi les douze nucléotides du site furine, on le retrouve utilisé deux fois successivement. Vous deviez analyser cela statistiquement pour voir si c’était vraiment étonnant. Qu’en est-il ?

Il y a en fait un pouvoir statistique assez faible, car il doit pouvoir s’appuyer sur des nombres élevés. Or ici, avec ce site furine, il n’y a que quatre codons dont nous ignorons l’origine. Il me parait donc difficile de faire un « test » statistique, qui serait de toute façon assez peu "puissant". Et face à une insertion, la question est de savoir d’où vient ce bout d’ADN ou d’ARN retrouvé dans le virus. Beaucoup de bouts de tous types traînent dans la nature. On voit des morceaux insérés qui ne ressemblent à rien, mais ça ne veut pas dire que quelqu’un les a mis là. L’évolution est remplie d’exemples de petits morceaux d’ADN qui arrivent, sans que l’on sache d’où ils sortent, de l’environnement ou d’une machinerie de réplication qui a fait n’importe quoi. Ensuite, CGG est un codon, mais n’oublions pas qu’il contient trois lettres. Ce n’est pas parce qu’elles se présentent ainsi dans ce virus qu’elles n’étaient pas décalées d’un ou deux rangs dans un autre génome, formant ainsi d’autres codons. Il ne faut pas trop s’exciter sur ces codons. On ne sait pas d’où ils viennent.

Même si l’on avait pu remarquer que l’arginine se codait davantage avec d’autres codons dans la nature alors que les laboratoires avaient pour habitude d’utiliser CGG quand ils voulaient encoder cet acide aminé ?

On peut effectivement y voir un argument, mais cela voudrait dire que ce codon CGG a bien été utilisé comme tel. Nous avons certes ici deux arginines CGG, mais il est très possible que, dans la nature, le premier C soit en fait le nucléotide du codon précédent. Dans ce cas on regarderait en fait GGC, mais cela pourrait aussi être GCG. Pas de quoi coder l’arginine dans les deux cas. Rien ne garantit que cet acide aminé ait été dans un autre génome. Et si on regarde bien l’insertion, elle ne semble d’ailleurs pas en phase.

C’est-à-dire ?

Elle ne s’est pas vraiment intégrée en tant que CGG, pas entre deux codons mais plutôt au milieu d’un qu’elle a cassé. Donc la fin de ce dernier se retrouve après l’insertion et ses deux premiers nucléotides avant. Au début et à la fin de l’insertion a ainsi eu lieu une fabrication de codons qui sont des mélanges entre le morceau inséré et ce qu’il y avait avant. Voilà pourquoi je ne ferai pas toute une histoire de cette insertion.

Ceci dit, tout est possible. Mais il faut bien comprendre que l’on voit le résultat d’un assemblage qui a été particulièrement performant à l’intérieur de l’espèce humaine. Combien y a-t-il eu d’essais-erreurs dans la nature avant d’y arriver ? On peut avoir le vertige en pensant à dix puissance vingt-cinq essais-erreurs. Et par hasard, un a marché. On a un énorme biais en ne regardant que ce qui a marché. On ne voit pas le nombre phénoménal d’essais ratés. Or le principe même de l’évolution par sélection naturelle, c’est qu’elle fonctionne par bricolage : beaucoup d’essais-erreurs, et, au bout d’un moment, ça marche.

Des gens travaillaient sur les coronavirus à Wuhan. Ils avaient même participé à un projet déposé en 2018, Defuse, qui prévoyait de chercher dans la nature des coronavirus de type SARS avec un site furine. Ils savaient qu’une telle séquence donnait un pouvoir infectieux très fort à un virus. C’est d’ailleurs l’atout maître du SARS-CoV-2. Le projet Defuse visait donc à rechercher un virus doté d’un tel site, encore jamais observé dans la famille des SARS, pour l’étudier, et, au cas où on n’en trouverait pas, envisageait d’en insérer un dans un coronavirus pour voir ce que ça faisait. Soumis au DARPA, agence de recherche du département de la Défense américaine, ce projet n’a certes pas été accepté et financé par cette dernière, mais avec SARS-CoV-2, on se retrouve tout de même à Wuhan avec un virus qui correspond à ce qu’ils recherchaient, ou projetaient de réaliser en collaboration avec Ralph Baric.

Les deux scénarios de l’arrivée de SARS-CoV-2 contiennent, effectivement, des éléments étranges. Personnellement, je n’ai pas de parti pris sur ce qui s’est passé : je n’en sais rien. Si c‘est par le marché de Wuhan avec un trafic d’animaux qui l’a fait émerger en infectant les gens, comment ce virus qu’on ne trouve nulle part ailleurs, avec ce site furine présent chez aucun de ses cousins (le plus proche se trouvant à 2000 km de là chez des chauves souris rhinolophes), est arrivé là ?

Dans l’autre scénario, il est sorti d’un labo. Mais là, il va falloir expliquer pourquoi on ne trouve pas de traces évidentes de manipulation, sauf peut-être ce site furine, qui s’avère tomber exactement dans la région où on trouve justement d’autres insertions d’éléments dans la famille.

On pourrait l’avoir placé là parce que c’est une zone où l’insertion serait usuelle, ou commode, et particulièrement importante, car située entre les deux parties de la protéine spike. N’était-ce tout simplement pas l’endroit le plus approprié ?

C’est possible. Je ne suis pas assez expert en virologie pour dire si quelqu’un est capable de penser aussi loin à la manipulation de virus.

Insérer des sites furines, c’est une manipulation qui était clairement envisagée…

Mais sans trace ! Une insertion propre, exactement au bon endroit, sans passage en culture, sans sélection de fonctions. Car ça, nous l’aurions vu. Mais peut-être que des gens sont assez forts pour y parvenir. Il est possible que quelqu’un ait choisi d’insérer ce site furine là, mais aussi qu’après des milliards de milliards d’essais erreurs dans la nature, cela ait finit par marcher.

Ralph Baric, qui aurait eu la charge d’insérer le site furine dans le projet Defuse et a pu apprendre ses techniques aux chercheurs de Wuhan, est connu pour sa capacité à modifier des virus ou à y insérer des morceaux de façon invisible quand on observe le génome. Serait-ce également le cas avec votre méthode comparative ?

Là encore, tout est possible. Si la manipulation est parfaite, notre criblage ne détectera probablement pas d’anomalie. Réfuter un tel scénario à partir de l’analyse de séquence serait très difficile sans autre information.

Il n’y a rien de spécial à signaler au niveau de la manipulation de séquence. L’évolution de SARS-CoV-2 ressemble à quelque chose de naturel.

En fait, on ne peut pas exclure que le site furine ait été ajouté, mais rien ne montre qu’il l’a été.

C’est bien résumé. Et en regardant uniquement les séquences, le niveau d’étonnement est assez bas. Il vient plutôt de la juxtaposition avec l’information selon laquelle un labo avait déposé un projet. Mais ne surévaluons-nous pas la capacité des chercheurs à faire des choses ? Je sais qu’il existe des artistes de la biologie moléculaire, mais n’en étant pas un, je ne peux pas répondre à cette question. Nous avons seulement mesuré ce qui se passe dans la famille de SARS-CoV-2 et on n’observe pas de différence entre les membres, tout comme dans celles de SARS-CoV-1 et du MERS. Alors qu’avec une chimère fabriquée par un humain dans un labo, je détecte une bizarrerie.

Est-ce votre argument décisif ? Reconnaître une chimère grâce à votre méthode et voir que SARS-CoV-2 n’en pas les caractéristiques ?

Toutes les chimères que nous avons regardées sont apparues atypiques avec notre test. Si SARS-CoV-2 en est une, notre méthode ne nous permet pas de le voir. Peut-être est-ce un aveu d’incompétence, mais nous faisons ce que nous pouvons.

Donc pour vous, au final, il n’y a rien de spécial à signaler sur SARS-CoV-2 ?

Au niveau de la manipulation de séquence, car je n’ai aucune idée du scénario qui a amené à la pandémie. Je dis seulement que l’évolution de son virus ressemble à quelque chose de naturel. Reste que j’ignore si un chercheur s’est fait infecter puis est allé faire ses courses au marché où il a infecté lui-même quelqu’un et peut-être des animaux, car ce virus passe dans les deux sens avec l’homme. Dans quel sens est-ce en l’occurrence passé initialement ? De l’humain à l’animal ou le contraire ? Certains font de la datation avec des analyses phylogénétiques, mais je fais moi-même ce type d’analyse et l’intervalle d’erreur sur les estimateurs est tellement grand...

Les estimateurs de quoi ?

De temps, d’apparition. On se base sur une seule mutation, peut-être deux. Les intervalles de confiance sur ce type d’événements hautement stochastiques (nda : aléatoires) sont immenses, donc cela ne donne pas d’arguments robustes. On voit des modèles hyper compliqués avec vingt-cinq paramètres, mais on peut leur faire dire beaucoup de choses.

Le travail des reviewers qui vont corriger notre article sera de regarder si l’on est passé à côté d’un indicateur. On sera alors ravi de l’intégrer.

Quelles sont les limites de votre étude ? Pourquoi ne clôture-t-elle pas le sujet ?

En premier lieu car nous avons principalement recherché trois types de traces pour lesquels on ne voit rien d’évident. Or il existe des milliers de façons de regarder le génome de ce virus. Nous avons seulement choisi trois classes de métriques qui nous paraissaient correctes.

Ce que vous appelez indicateurs d’évolution. Que pourrait-il y avoir d’autres ?

On peut en inventer à l’infini, mais si j’avais d’autres exemples évidents, je les aurais testés. Ceci dit, quelqu’un arrivera peut-être demain en disant : jusqu’ici on n’a pas regardé ça alors que cela montre quelque chose de très intéressant en termes d’évolution moléculaire. Mais attention à ne pas multiplier les métriques, car chacune est sujet à un taux de faux positifs. Si on en prend une infinité, on est garanti d’en trouver qui vont dire que c’est bizarre. Donc j’aime bien l’idée d’utiliser des métriques standards dans le domaine. On peut en fabriquer jusqu’à tomber sur une qui détecte quelque chose, mais c’est un jeu un peu malhonnête. Le travail des reviewers qui vont corriger notre article sera néanmoins de regarder si l’on est passé à côté d’un indicateur. On sera alors ravi de l’intégrer. C’est le jeu de la science, mais on a tenu compte des principaux indicateurs.

Un scénario de laboratoire demeure complètement possible.

Bien que vous n’ayez rien repéré de vraiment suspect laissant penser à une manipulation dans le génome de SARS-CoV-2, vous n’excluez pas d’autres scénarios de labo, comme un échantillonnage de virus, un stockage au froid limité dans le temps ou de la culture cellulaire sans pression de sélection.

Oui, c’est complètement possible. Avec ce type de culture cellulaire sans pression, on cherche seulement à ce que le virus se multiplie sans viser une fonction particulière. Donc c’est très différent d’un passage en série ou de toute autre méthode visant à le faire évoluer de façon anormale ou accélérée. Pour le passage au froid, on verrait des zones sans aucune mutation s’il avait été très long et avait gelé le virus. Or on ne le voit pas. On peut donc exclure une réfrigération pendant quinze ans, mais quelques semaines voire quelques mois passeraient inaperçues.

Vous dites que c’est plutôt par des approches épidémiologiques qu’on pourrait maintenant avancer. Comment cela ?

En regardant les chaînes de transmission, mais il ne me semble pas avoir vu jusqu’ici d’études épidémiologiques qui règlent le problème de l’origine du SARS-CoV-2.

Logiquement, en cas de zoonose, on aurait dû le trouver sur d’autres animaux que ceux du marché, comme avec SARS-CoV-1 qui a émergé à plusieurs endroits. Mais là, on ne voit pas le virus ailleurs qu’à Wuhan.

Exactement. N’a-t-on pas assez échantillonné ? Ou est-il tellement rare qu’on ne le voit pas ?

Certains disent que ce virus a été observé chez l’homme en 2019, bien avant l’émergence à Wuhan, ailleurs dans le monde...

L’intéressant dans ces études sérologiques, c’est que personne n’a jamais pu les répliquer. Or en science, on est malheureusement faillible, donc on a besoin d’autres gens qui refont nos études pour les confirmer. Là, ce n’est pas le cas, donc le degré de confiance est assez bas. Elles semblent prouver que des gens étaient déjà exposés au virus parce qu’ils avaient des anticorps qui réagissaient, mais le taux de faux positifs et de réactions croisées est assez fort, donc ce n’est pas un argument-massue.

On ne sait pas si c’est SARS-CoV-2 ou un autre coronavirus qui pourrait présenter les mêmes anticorps ?

C’est ça, une réaction croisée.

Estimez-vous avoir aujourd’hui fini votre travail sur SARS-CoV-2 ou, le cas échéant, que resterait-il à faire ?

Pour le Sars-CoV-2, j’ai perdu l’excitation. En revanche un produit dérivé me semble particulièrement excitant : la méthode qui permet de découper les alignements de génomes. Celle que l’on propose est encore un peu bricolée pour l’analyse de traces potentielles de laboratoire, mais on pourrait l’appliquer à d’autres cas. Il faut donc la réécrire de façon beaucoup plus intégrée, plus propre, avec un travail d’ingénierie en informatique qui pourrait prendre deux ou trois ans. Cela permettrait de fabriquer un package plus solide à utiliser dans le futur pour regarder d’autres virus, ou peut-être des bactéries.

Applicable à la prochaine pandémie, sans avoir à attendre cinq ans...

Notre manuscrit se termine en disant que l’on pourrait appliquer cette méthodologie à n’importe quel pathogène afin de détecter des manipulations humaines. Mais c’est comme pour tout : si personne ne donne l’argent, on ne peut pas payer d’ingénieur, et tout le monde est débordé. Je le garde néanmoins dans un coin de ma tête car ça me paraît une bonne idée d’appliquer cette méthode à d’autre pandémies. Mais pour la dernière, j’ai fait ce que je pouvais faire, et d’autres questions m’intéressent dans ce vaste monde : par exemple l’évolution des moules d’eau douce dans les rivières.